حصل البروفيسور بوشلر، من بين جوائز أخرى، على جائزة لودفيغ رين المرموقة (1987)، وجائزة الجمعية الدولية لطب البنكرياس (1988 و1990)، وجائزة الأبحاث من الجمعية السويسرية للجراحة (1995)، وجائزة فريتز ليندر من الجمعية الألمانية للجراحة (1999)، وجائزة ماكس سيورالا من الجمعية الفنلندية لأمراض الجهاز الهضمي (2005), وجائزة جيمبرنات من الجمعية الكاتالونية للجراحة (2005)، وجائزة أبقراط من الجمعية اليونانية للطب الباطني (2006)، وميدالية أموندسن من معهد الأبحاث الجراحية في أوسلو (2013)، وجائزة رودولف زينكر من الجمعية الألمانية للجراحة (2014)، وجائزة كارل هاينريش باور من الجمعية الألمانية للجراحة (2018)، وجائزة السرطان الألمانية (2021).

وفي عام 2016، تم تعيينه عضواً في مجلس الشيوخ مدى الحياة في الجمعية الألمانية للجراحة وحصل على جائزة الإنجاز مدى الحياة من النادي الأوروبي للبنكرياس. وهو عضو فخري في العديد من الجمعيات المهنية، بما في ذلك الجمعية الملكية للطب في إنجلترا منذ عام 1998، والكلية الملكية للجراحين في إنجلترا منذ عام 2009، والجمعية الأمريكية للجراحة منذ عام 2010، والكلية الأمريكية للجراحين منذ عام 2013. وفي عام 2009، انتُخب عضواً في أكاديمية ليوبولدينا الألمانية للعلوم منذ عام 2009. حصل على الدكتوراه الفخرية من جامعات في كلوج نابوكا وأراد (رومانيا) وبلغراد ومينسك، ومن جامعة فيلنيوس وجامعة نانجينغ الطبية وجامعة بيكس، كما حصل على درجة الأستاذية الفخرية في كلية الطب بالسكك الحديدية وجامعة جنوب شرق وجامعة الطب في نانجينغ، وكذلك في ووهان ومونتيفيديو وبراغ.